《黑色孤儿》 第二季将以Sarah不顾一切的寻找她失踪女儿Kira的故事开始。她以其焦土战术（军队撤退时摧毁一切敌军可利用之物）与支持克隆人的Rachel开战，使得所有克隆人都处于被分化和受到威胁的境地之中。一旦Sarah发现了更多关于她 …

百年之前，一系列的连锁巨变摧毁了多数的地球文明，将世界带入了无尽的黑暗时期。剩余的幸存者试图回到过去改变引起这一切毁灭事件的进程。